安徽工业大学分子工程与应用化学研究所创建于2008年1月，其建立宗旨：从分子水平上研究化学合成反应的特性，并由此而形成以分子工程为基础的应用化学新技术与新工艺，以及各类化学新材料的制备和应用；其发展目的：利用化学学科的优势去解决其他学科中所需要面临的一些化学问题，吸取其他学科的特色来解决化学学科在拓展研究路径中面对的诸多瓶颈问题。在留学欧美多年后回国工作的张千峰教授是研究所的创办人，目前也是研究所团队的负责人；研究所有固定研究人员 6 人, 以具有博士学位的青年教师为主；研究所具有独立的研究生招生、培养和学科建设的支撑点，目前在学的博士研究生有6人、硕士研究生有43人；研究所有约 1500 平方米建设总面积，包括各类化学合成实验室、测试表征实验室、仪器分析实验室的研究平台；主要研究方向为：（i）金属有机化学反应与应用催化，（ii）手性分子催化与药物分子的设计合成，（iii）有机大分子类生物探针的精准合成与性质表征，（iv）金属硫簇-有机分子框架的可控合成与应用，（v）环境材料化学及其在钢铁与水泥行业中的应用。其发展目标是实现以基础研究支撑应用技术研究的“产、学、研”一体化，形成拥有自主创新特色的学术研究成果与产业化相结合和推广的新技术、新工艺、新思想的研究中心。